Bangunan Stasiun Jatinegara sekarang adalah bangunan kedua yang dibangun. Dulunya, Stasiun Jatinegara berada 600 meter dari lokasi yang sekarang.
Perusahaan kereta api swasta Bataviaasch Ooster Spoorweg Maatschappij (BOSM) meresmikan Stasiun Meester Cornelis bersamaan pembukaan jaringan kereta api Batavia (Jakarta)-Meester Cornelis (Jatinegara)-Bekasi pada tanggal 31 Maret 1887. Karena menghadapi masalah keuangan, pada tahun 1889 jaringan kereta Batavia-Bekasi dibeli oleh perusahaan kereta api negara Staatsspoorwegen (SS).
Pada tahun 1909, SS membangun sebuah stasiun baru yang letaknya sekitar 600 meter arah ke timur Stasiun Meester Cornelis eks BOSM. Pembangunan stasiun baru tersebut diberitakan surat kabar Het Nieuws van den Dag voor Nederlandsch Indie edisi 11 Oktober 1909.
Dulu nama Stasiun Jatinegara yaitu Meester Cornelis. Daerah Meester Cornelis awalnya merupakan tanah milik seorang pemuka agama Kristen Bernama Cornelis van Senen. Setelah meninggal dunia pada 1661, para pengikutnya mengabadikan nama Meester (majikan) Cornelis sebagai nama wilayah bekas properti tanah milik mendiang. Ketika pendudukan Jepang, penamaan wilayah Meester Cornelis diganti menjadi Jatinegara.
Ada beberapa pendapat terkait nama Jatinegara. Pertama, karena di daerah tersebut terdapat banyak hutan jati. Kedua, Jatinegara mengacu kepada 'negara sejati' yang dipopulerkan oleh Pangeran Jayakarta. Perubahan nama tersebut pun berdampak terhadap perubahan nama stasiun, yakni Stasiun Jatinegara.
Teruntuk bekas bangunan stasiun dulu, sekarang digunakan sebagai UPT Resor 1.9 Listrik Aliran Atas Jatinegara. Tidak ada perubahan dalam bentuk bangunan, hanya saja bagian dalam lebih dimanfaatkan dan dibersihkan demi kenyamanan dan keamanan resor listrik.
Stasiun Jatinegara telah ditetapkan sebagai bangunan cagar budaya yang terdaftar di Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata dengan nomor registrasi RNCB.19990112.02.000503 berdasarkan Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor: PM.13/PW.007/MKP/05 dan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 011/M/1999.
Stasiun Jatinegara merupakan salah satu stasiun yang akrab juga dengan masyarakat. Lokasinya yang strategis dengan pasar, Stasiun Jatinegara juga menjadi penengah untuk warga Bekasi melintas ke wilayah Jakarta dengan cara naik kereta.
