Waterfront City Labuan Bajo terdiri dari lima Zona, yaitu Zona 1 (promenade Bukit Pramuka), Zona 2 (promenade Kampung Air, Zona 3 (plaza dan ruang publik), Zona 4 (promenade bagian dari plaza hotel), dan Zona 5 (promenade struktur kantilever).
Setiap zona Waterfront City Labuan Bajo dilengkapi dengan sarana dan prasarana pendukung lainnya. Satu yang menjadi sorotan adalah pembangunan Tourist Information Center (TIC) yang berada di Zona 4
Waterfront City Labuan Bajo sangat mengutamakan keterlibatan penduduk sekitar. Misalnya saja sejak awal mula mendesain Zona 2 dan 3 yang dibangun di Kampung Air.
Keberadaan Waterfront itu diharapkan bias menjadikan Labuan Bajo sebagai destinasi wisata yang dapat memberikan full experience melalui berbagai pilihan wisata alam, budaya, dan aktivitas lainya.
Waterfront City Labuan Bajo diyakini bisa menjadi magnet dan menghidupkan UMKM lokal yang mulai bangkit kembali.
Kalau yang ini keindahan laut Labuan Bajonya. Wisatawan bisa menyusuri Labuan Bajo dengan kapal pinisi.